• El proyecto Epicovigal empleará el análisis genómico para entender la evolución y circulación del coronavirus en la comunidad
24
Jul
2020
Genoma virus
Mapa y árbol filogenético proporcionado por NextSpain.

Entender la evolución y circulación del SARS- CoV-2 en Galicia a través del análisis genómico de 1000 muestras de pacientes contagiados con el objetivo último de contribuir a la toma de decisiones en el campo de la salud pública en la lucha contra este virus. Este es el reto del proyecto Epicovigal, liderado por el catedrático de la Universidad de Vigo David Posada y en el que participarán equipos de investigación de las universidades, de los institutos de investigación sanitaria y de los hospitales de referencia de Galicia.

“Nuestra intención es intentar poner nuestro granito de arena, ayudar desde la ciencia haciendo lo que sabemos hacer”, explica Posada, recalcando la importancia tanto del compromiso como del rigor científico en el momento actual. A grandes rasgos, resume, Epicovigal consistirá en obtener de los hospitales gallegos muestras del virus, concretamente de su material genético, el ARN, y secuenciarlo para obtener su genoma completo. A partir de esa secuencia, añade, se realizarán una serie de análisis informáticos, matemáticos y evolutivos que permitirán identificar qué variantes del virus hay en Galicia e intentar estimar parámetros epidemiológicos, como la tasa de contagio, las migraciones del virus o los orígenes.

“El reto principal será obtener las muestras idóneas, en las condiciones idóneas y con la información idónea para que las podamos secuenciar y obtener el genoma con fiabilidad. A partir de ahí nuestro trabajo es más fácil, ya que aplicaremos técnicas que ya conocemos. El más difícil es coordinar los esfuerzos de los once equipos participantes y la logística de las muestras”, indica el investigador del CINBIO, Centro de Investigaciones Biomédicas cofinanciado con fondos Feder de la UE. En este sentido, Posada recalca que “no queremos generar expectativas que no son”, y hace hincapié en que este proyecto “no tiene como objetivo estudiar la patología del virus sino estudiar cómo y cuando se mueve en Galicia”.

Tal y como explican los promotores de la iniciativa, “la vigilancia generalizada para la transmisión comunitaria del SARS- CoV-2 es una necesidad crítica, incluso después de que la pandemia actual se haya controlado”. El amplio espectro de gravedad de la enfermedad, añaden, “dificulta la vigilancia tradicional, de manera que la epidemiología genómica puede proporcionar información procesable y complementaria para informar la toma de decisiones en salud pública, en particular de manera asimétrica en distintas áreas sanitarias”.

Líneas de trabajo

Los objetivos que se propone el proyecto son varios y centrados en Galicia. Entre ellos están realizar un muestreo genético pormenorizado del SARS- CoV-2 en la comunidad autónoma; identificar sus linajes predominantes, orígenes y rutas de transmisión; inferir su dinámica poblacional; detectar posibles clústeres de transmisión dentro y entre diferentes áreas geográficas y analizar la variación genómica de este coronavirus dentro de pacientes.

La iniciativa también quiere poner a punto y comparar la eficiencia de distintas plataformas para la secuenciación genómica de este virus en hospitales gallegos. Los resultados de la propuesta, explican sus promotores, “permitirán entender mejor la circulación del SARS- CoV-2 en tiempo y espacio en Galicia”. Así, detallan, gracias a un muestreo intensivo (1.000 genomas), con el análisis filodinámico se podrá estimar con mayor fiabilidad el número mínimo de introducciones que ocurrieron, los patrones de transmisión y si las cadenas de infección transmitidas localmente han sido limitadas en tamaño y duración. “Esto permitirá, por ejemplo, saber si la detección y las intervenciones implementadas en las áreas de estudio fueron efectivas para interrumpir la transmisión del virus”, apunta el coordinador de la iniciativa.

El proyecto también aspira a generar una red de contactos “entre investigadores y clínicos, universidades y hospitales”, así como poner en marcha una plataforma de secuenciación y análisis genómico que permita una monitorización detallada en tiempo real de nuevos brotes del virus en Galicia, de cara a obtener información útil para la toma de decisiones locales en cada momento. Esta plataforma, señalan, se integrará y compartirá su información con otras plataformas y estructuras similares de ámbito estatal e internacional con las que los promotores del proyecto ya colaboran, en especial con la plataforma NextSpain.

Participantes en el proyecto

Epicovigal: epidemiología genómica y monitorización en tiempo real del SARS- CoV-2 en Galicia. Este es el nombre completo de una iniciativa que ha conseguido 170.000 euros de financiación del Fondo Supera Covid-19, fruto de la colaboración del Banco Santander, las universidades españolas, la CRUE y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Epicovigal contará con la participación de, además del Grupo de Filoxenómica del CINBIO-Universidad de Vigo que dirige Posada, del Grupo de Genomas y Enfermedad, de la Universidad de Santiago de Compostela, y del Laboratorio de Bases de Datos, de la Universidade da Coruña. También participarán los servicios de Microbioloxía de los siete centros hospitalarios de referencia del Servicio Gallego de Salud, los tres institutos de investigación sanitaria de Galicia y el Centro de Supercomputación de Galicia ( Cesga).

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